จุดเริ่มต้นของ สถาบันวิศวกรรมชีวการแพทย์ มหาวิทยาลัยเชียงใหม่ เริ่มมาจากความร่วมมือของนักวิจัยคุณภาพสูงของ มหาวิทยาลัยเชียงใหม่ โดยนักวิจัยเหล่านี้ได้ผลิตงานวิชาการที่เป็นที่รู้จักและได้รับการยอมรับในระดับนานาชาติ และมาจากหลากหลายคณะที่เกี่ยวข้องกับวิศวกรรมชีวการแพทย์ เช่น วิศวกรรมศาสตร์ แพทยศาสตร์ วิทยาศาสตร์ เทคนิคการแพทย์ เภสัชศาสตร์ เกษตรศาสตร์ อุตสาหกรรมการเกษตร ทันตแพทยศาสตร์ และสัตวแพทยศาสตร์
ซึ่งการก่อตั้งสถาบันวิศวกรรมชีวการแพทย์ มหาวิทยาลัยเชียงใหม่ มีวัตถุประสงค์เพื่อการผลิตมหาบัณฑิตและดุษฎีบัณฑิตซึ่งมีความรู้ความสามารถในด้านวิศวกรรมชีวการแพทย์และนำเอาองค์ความรู้ในด้านวิศวกรรมชีวการแพทย์ไปใช้ในการพัฒนาประเทศ รวมถึงการให้บริการวิชาการแก่ชุมชน
พันธกิจของสถาบันวิศวกรรมชีวการแพทย์ มหาวิทยาลัยเชียงใหม่ ยังรวมไปถึงการเป็นที่ปรึกษาด้านวิศวกรรมชีวการแพทย์และเป็นผู้พัฒนาเครื่องมือแพทย์แก่ชุมชน ให้ความรู้แก่ชุมชน โรงพยาบาล หรือสถานให้บริการทางการแพทย์อื่นๆ รวมไปถึงการผลิตงานวิจัยในสาขาวิชาวิศวกรรมชีวการแพทย์เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพในการวิจัยและพัฒนาประเทศอย่างยั่งยืนต่อไป