ศูนย์ความเป็นเลิศทางทันตกรรมรากเทียมจัดตั้งขึ้นเมื่อปี พ.ศ. 2555 เพื่อดำเนินการตามพระราชดำรัสในเรื่อง “ค้นคว้า ปฏิบัติ พัฒนา” และหลักการพึ่งพาตนเองจากทฤษฎีเศรษฐกิจพอเพียง ของพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดชฯ วัตถุประสงค์การก่อตั้งของศูนย์ความเลิศทางทันตกรรมรากเทียมเพื่อเป็นศูนย์ที่ดำเนินการวิจัยและพัฒนาเกี่ยวกับรากเทียมไทยที่เกิดขึ้นจากพระราชดำริในพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดชฯ ตลอดจนให้บริการการรักษาทางทันตกรรมรากเทียมแก่ผู้ป่วยทั้งรายที่ซับซ้อนและธรรมดาตลอดจนให้บริการแก่ผู้ป่วยด้อยโอกาส เปิดการสอนด้านทันตกรรมรากเทียมในระดับปริญญาโทและปริญญาเอกแก่ทันตแพทย์ทั่วไป ปัจจุบันศูนย์ความเป็นเลิศทางทันตกรรมรากเทียมได้รับงบประมาณสนับสนุนจากมหาวิทยาลัยเชียงใหม่และสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา
ศูนย์ความเป็นเลิศทางทันตกรรมรากเทียมเป็นศูนย์แห่งเดียวในประเทศไทยที่ให้การรักษาทางทันตกรรมรากเทียมโดยใช้ระบบรากเทียมของประเทศไทยเพียงชนิดเดียวคือของบริษัท พีดับบลิว พลัสจำกัด (เป็นบริษัทรากเทียมไทยแห่งแรกและแห่งเดียวที่ได้มาตรฐานรับรองผลิตภัณฑ์จากสหภาพยุโรปหรือ CE-marking) และไม่มีการใช้ระบบรากเทียมของต่างประเทศตลอดจนใช้เครื่องถ่ายภาพรังสีแบบ 3 มิติหรือ ConeBeam CT ที่พัฒนาโดยสำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ (สวทช.) ซึ่งเป็นเครื่องแรกของประเทศไทยในการวางแผนการรักษาให้กับผู้ป่วย
ศูนย์ฯ ดำเนินโครงการรากฟันเทียมเฉลิมพระเกียรติพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวเนื่องในโอกาสพระราชพิธีมหามงคลเฉลิมพระชนมพรรษา 80 พรรษา โครงการรากฟันเทียมเฉลิมพระเกียติพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวเนื่องในโอกาสพระราชพิธีมหามงคลเฉลิมพระชนมพรรษา 7 รอบ5 ธันวาคม 2554 อีกทั้งยังเป็นศูนย์ฯ เดียวที่ดำเนินโครงการเฉลิมพระเกียรติโครงการการคืนความสุขในการบดเคี้ยวให้กับผู้สูงอายุที่ยากไร้และผู้ด้อยโอกาสด้วยเทคโนโลยีดิจิทัลทางทันตกรรมเฉลิมพระเกียรติสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯสยามบรมราชกุมารีในโอกาสฉลองพระชนมายุ 5 รอบ 2 เมษายน 2558
ศูนย์ความเป็นเลิศทางทันตกรรมรากเทียมได้พัฒนารากฟันเทียมขนาดเล็กสำหรับยึดฟันเทียมแบบถอดได้ ซึ่งได้รับรางวัลชนะเลิศ รางวัลนวัตกรรมแห่งชาติ ด้านสังคม ประจำปี 2558 ปัจจุบันรากเทียมดังกล่าวได้ถูกนำไปใช้ในโครงการเฉลิมพระเกียรติพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวฯขึ้นครองราชย์ 70 พรรษา
ศูนย์ความเป็นเลิศทางทันตกรรมรากเทียมมีห้องปฏิบัติการจุลกายวิภาคศาสตร์ของเนื้อเยื่อแข็งชนิด Undecalcified Hard Tissue ซึ่งรองรับและสนับสนุนงานวิจัยเกี่ยวกับชีววัสดุ เพื่อวิจัยและพัฒนาองค์ความรู้ด้านทันตกรรมรากเทียมและกระดูกในเชิงลึก